商品第三方实验室相比检测的商品和检测的项目都要比企业多，所以仪器设备的配置从门类和数量上都应比企业实验室更完善。仪器设备的配置不仅能满足当前检测的需要，还应适当超前。
商业第三方实验室
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品质项目
| 根据使用的标准或客户要求，配置相应的检测仪器和设备，均可参考食品企业实验室的品质项目，可用化学法或仪器法，另外如下：
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根据对应的检测项目配置仪器：
| 水分测定仪、凯氏定氮仪、快速脂肪测定仪、糖度计、粘度计、脂肪酸分析仪等
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氨基酸分析仪等仪器
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卫生项目
| 均可参考食品企业实验室卫生项目，另外如下：
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农/兽药残留：现代商业实验室*的，对禁用农兽药残出具阳性报告时指令和标准要求的条件
| 液相色谱-串联质谱、气相色谱-质谱
| 规模、检测项目多，每类仪器还应配置多台套，使仪器互补
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| 元素多、样品杂
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| ICP-MS、GC-MS/MS
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| 形态分析
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| ICP-MS与LC或GC联用
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