卫生项目包括：微生物、添加剂、有害元素、农药残留、兽药残留、毒素等。对于一般食品企业，微生物检测实验室应该建。
项目
| 简单配置
| 高配置
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卫生项目
| 微生物
| 微生物实验室，必建
| 按照生物实验室规范标准要求进行布局。必要的设备有洁净台、培养箱、高压灭菌锅、电炉等，其它设备则根据具体检测项目配置。简单配置为国产
| 高配置为进口
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添加剂和有害元素
| 亚硝酸盐、二氧化硫、重金属含量、总砷等
| 化学法
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卫生标准：防腐剂（苯甲酸、山梨酸等）、甜味剂（甜蜜素、糖精钠等）、色素（柠檬黄、胭脂红等）
| 气相色谱-氢火焰检测器、液相色谱-紫外/可见光检测器
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铅、铬、镉、铜、镍等有害元素
| 原子吸收仪-石墨炉检测器
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砷和汞等
| 原子荧光
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残留农药
| 气相色谱，必配
| 气相色谱，毛细管柱分流/不分流进样口，安装毛细管色谱柱
| 气相色谱-质谱仪（四极杆、离子阱均可），EI够用，可选配NCI
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有机氯农药
| 电子俘获检测器ECD
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有机磷农药
| 火焰光度检测器FPD或氮磷检测器NPD
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残留兽药
| 项目不多、且批次多
| 酶联免疫仪ELISA，注：项目特别多时比用仪器成本高
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有一定规模的出口食品企业
| 三重四极杆液相色谱-串联质谱仪
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